云南省仅约占全国国土面积的4%,其特殊的地理位置、复杂多样的地形地貌、气候与生境类型,孕育着丰富的生物多样性,现记录有脊椎动物2273种(含31个外来物种),云南土著种(2242种)约占全国土著脊椎动物(4357种)(中国生物多样性红色名录-脊椎动物卷,2015)的51.4%。从世界上看,云南所占的陆地面积几乎不值一提,但记录的鱼类、两栖类、爬行类、鸟类和兽类分别约占世界种类的3%、2.8%、2%、9.7%、5.4%。
云南有高等植物440科3084属19333种,占世界种类总数(约30万种)6.4%,占中国已知种类总数(38580余种)的50.1%。其中,苔藓植物126科499属1906种,分别占中国的95.5%、96.2%和65.5%;蕨类植物61科193属1363种,分别占中国的95.3%、83.2%和54.5%;裸子植物9科25属113种,分别占中国的90.0%、73.5%和37.0%;被子植物244科2367属15951种(含种下分类单元),分别占中国的98.0%、84.5%和48.5%。
云南境内的野生观赏植物资源尤为丰富,世所罕见,是全球公认的“世界花园”。云南有高等植物有19000余种( 包括变种、变型) , 约占中国植物种类的50%,估计1/3的种类具有花卉和观赏园艺价值。其中,经统计具有较高观赏价值的野生草本花卉有2524种、灌木1298种、乔木899种、藤本309种。